Ważnym podmiotem, który sprawuje nadzór nad działalnością instytucji muzealnej jest Rada Muzeum, której kadencja trwa 4 lata. W jej skład wchodzą osoby, które wykazały odpowiednie kwalifikacje oraz kompetencje, doskonale znają się na działalności instytucji i nie są zatrudnione przez muzeum.
W skład Rady Muzeum Okręgowego w Toruniu, wybranej na lata 2025-2029 wchodzi 15 osób silnie związanych ze środowiskiem kulturalnym, artystycznym oraz historycznym miasta i regionu:
